994-ben két szakaszt nyert a Giro-n (Merano és Aprica), 1995-ben két szakaszt nyert a Tour de France-on (Alpe d’Huez és Guzet Neige). 1997-ben szintén két szakaszt nyert a Touron, ahol harmadik helyen végzett (Alpe d’Huez, és Morzine).

1998 volt a Kalóz nagy éve, két szakaszt nyert a Giro-n (Piancavallo, Montecampione), majd besöpörhette a rózsaszín trikót is. Ez után a Tour-on szintén két szakaszt nyert (Plateu de Beille, Les deux Alpes), és az összetettet is.

1999-ben négy szakaszt nyert a Giro-n (Gran Sasso D' italia, Oropa, Alpe di Pampeago, Madonna di Campiglio) és az összetettben is vezetett, amikor kizárták magas hematokrit szintje miatt. Ez volt a döntő pillanat pályafutása során, ettől kezdve Pantani nem volt ugyan az a versenyző. Ugyan 2000-ben még megcsillantott valamit régi tudásából: Giro győzelemhez segítette csapattársát Garzellit, úgy, hogy az egyik hegyi szakaszon szétszedte Simonit, valamint két szakaszt nyert a Tour de France-on, a Mount Ventoux-t és a Courchevel-i befutót, ahol Chaba Jiménezt érte utol és szakította le. Ez után a következő hegyi szakaszon megpróbált összetettben dobogóra állni, ez azonban nem sikerült, és feladta a versenyt.

Innentől kezdve került egyre közelebb a depresszióhoz, és a kábítószerekhez. 2003 nyarán egy Padovai klinikán kezelték depresszió és kábítószer függőség miatt.

Ennek ellenére 2004. február. 14-én Riminiben holtan találták. A szobában a dühkitörésekre utaló nyomok voltak, valamint búcsúcédulák tömkelege.

Nyugodj békében Marco!